Este instrumento era llamado Gagaku Shakuhachi y tenía seis agujeros. Aunque no llamado shakuhachi y teniendo una diferente embocadura había un flauta llamada Tempuku (天吹) de cinco agujeros que floreció en Satsuma (Prefecto de Kagoshima) de los s. XII al XIV. Otra antigua flauta el hitoyogiri (一節切) fue practicada en el periodo Muromachi (1392 - 1586) pero alrededor del s. XVII el hitoyogiri comenzó a extinguirse. El inmediato precursor del hitoyogiri fue el shakuhachi al que le añadieron el final de la raíz del bambú "Fuke Shakuhachi". Éste último era utilizado por la Fukeshû (普化宗), una secta que provenía de una ramificación del Zen y los monjes eran llamados komusô (虚無僧).
Honkyoku (本曲) es el género de shakuhachi que se basa en la interpretación de antiguas piezas de música de origen Zen. Koten Honkyoku (古典本曲) suelen ser las obras para solo de shakuhachi y tienen una relación directa con la práctica del Suizen (吹禅) meditación a través del soplido del bambú. Hace siglos, concretamente hacia el periodo Edo (1603 - 1867) el honkyoku era transmitido de forma oral.
El Honkyoku expresa y representa toda una unificación de diferentes aspectos del shakuhachi como la conexión del intérprete con el sonido del bambú, una relación con nuestro ser y otros seres además de comunicación con lo invisible. Sublime flauta de gran expresividad, sutileza y dinamismo, invitan al intérprete y al oyente a una atmósfera de contemplación. Su calidez nos permite descubrir profundidades y sentimientos que sólo el sonido del bambú llega a acariciar.
Con este proceso la afinación del instrumento dependerá de su equilibrio con el ánima, además estos shakuhachi suelen hacerse en dos piezas. Después se empiezan a aplicar capas de urushi (laca natural del árbol de urushi).
Jinashi, es el shakuhachi sin ji en el ánima de la flauta. Suelen ser shakuhachis de peso más ligero. Los jinashi suelen ser Nobekan (de una pieza). La afinación lleva más trabajo que en los jiari. El sonido del jinashi está más cercano a la vibración que emite el bambú.
Hocchiku, es el shakuhachi natural, sin utaguchi de cuerno o de marfil, sin ji y sin urushi. Suelen ser Nobekan (de una pieza). Esta clase de shakuhachi es con el que tocaba Watazumi Do, maestro de Katsuya Yokoyama. El bambú que se elige para la construcción del hocchiku suele ser bastante grueso en el ancho de su diámetro.
El shakuhachi (尺八) es una flauta de bambú procedente del Japón. Se llama en japonés "I Shaku Ha Sun". Su nombre proviene de una muy antigua medida japonesa y suele tener la afinación estandar de RE. La medida de un shaku equivale a unos 30,303 cm. y un sun a 3,03 cm. Esta sobresaliente flauta proviene de China y entra en Japón en el comienzo del periodo Tang, siglo VII. El shakuhachi tiene cinco agujeros, cuatro por delante y uno por detrás. La embocadura del instrumento se llama "utaguchi" y suele estar echa de cuerno de búfalo o de marfil. El bambú que se elige para fabricar el shakuhachi se llama madake. Cuando el shakuhachi aterriza en Japón se integra en la música cortesana para orquesta de Gagaku "Música Elegante" (雅楽).
Hay tres tipos de fabricación diferentes de shakuhachi:
Jiari, es el shakuhachi que se creó a finales del siglo XIX. El ji es una pasta hecha con la mezcla de un polvo de arena tonoko y laca shesime que es urushi japonés.
Con la mezcla de estos dos componentes se recubre el interior pudiendo tapar los nudos interiores del bambú.